Управление лицеем осуществляется в соответствии с законом Российской Федерации «Об образовании в Российской Федерации» и Уставом МБОУ "Лицей №2" г. Чебоксары на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Проектирование оптимальной системы управления ОУ осуществляется с учетом социально-экономических, материально-технических и внешних условий в рамках существующего законодательства РФ.
В МБОУ «Лицей № 2» г. Чебоксары сформированы коллегиальные органы управления: общее собрание работников, педагогический совет, управляющий совет.
Структура образовательной организации: кабинет психолога, медицинский кабинет, библиотека, школьная столовая, спортивная площадка.